ובאחרית היה שמעון בן חשמונאי שמשל שמנה שנים (יוסיפון פרק כ״ו), ואחרי שמעון משל יוחנן כהן גדול המכונה הורקנוס, וגם הוא עשה תשועות גדולות, והיה שלום לעמנו עד אחריתו שהיה לרעה ונעשה צדוקי. ולכן יתחיל במה שהיה אחר זה הזמן באמרו:
פתח לבנון דלתיך וגו׳ – כי זה הפך הצלחה אבל רעה ורעות. וידוע כי ארץ ישראל וכל שכן ירושלים והמקדש יכונה בשם לבנון ויער. וזה הרע התחיל לעמנו בסוף ימי הורקנוס, כמ״ש רבותינו ז״ל, כמו יוחנן כהן גדול ששמש בכהונה גדולה שמונים שנה ובסוף ימיו נעשה צדוקי
(בבלי יומא ט׳.), וכמ״ש ביוסיפון (יוסיפון פרק כ״ז). כי אז לסבה ארוכה שהיה נהפך זה הורקנוס ונחלקו בני עמנו לשתי כתות, כי הורקנוס זה נשא הצדוקים שהיו עשירים וגבורים, וזה היה כת אחת. והפרושים, כלומר מפרשי התורה כפי דעת רבותינו, היו כת אחרת, והיו עמם דלת העם, ומלחמות עצומות היו ביניהם ודמים רבים נשפכו בעם השם. גם עשו שני מקדשים, כי הצדוקים עשו מקדש אחר בהר גריזים, ובכלל כי מן היום ההוא עד שנחרב הבית לא סרו חלוקות וכתות בעמנו עד היום האחרון מחורבנו. אם כן מאד נִבא וראה זכריה שאמר על זאת ההפלגה והפתיחה:
פתח לבנון דלתיך ותאכל אש בארזיך.
ואני אכתוב בכאן בקיצור מה שהאריך ביוסיפון (יוסיפון פרק ל׳): כי בסבות אריסטובלוס נהרג אנטיגנוס בפגע רעה, שמתו שני אלה ביום אחד, ולא היו במלכותם רק שנה. ומלך אלכסנדר הבן הצעיר, ובתחלת מלכותו עשה מלחמה עם מלך שהיה נקרא למירו, ויפלו מישראל שלשים אלף גבורים והנשארים נסו ההרה, וינס אלכסנדר ירושלים, ובחג הסכות (יוסיפון פרק ל״ג) זה המלך שהיה גם כן כהן, קרב על המזבח והיה הפרושים משחקים באתרוגים ובכפות תמרים, ואחד מהם מלאו לבו דרך עזות לעשות כן למלך, עד שקצף אלכסנדר מאד, ויהרוג מן הפרושים ששת אלפים בתוך היכל י״י, ובכלל הרג זה המלך מן הפרושים והעם אשר היו עמם חמשים אלף. וילכו העם אל דמיטריאוס ואל מלך מקרון לקרוא מלחמה על אלכסנדר, נצח אלכסנדר, ויתפוש שמונה מאות מגדולי הפרושים, וישב במשתה היין במקום עם נשיו ופלגשיו ויצו לתלות אותם על העצים כל שמונה מאות מזקני הפרושים. ואחר כך נפל בחולי קדחת רביעית ומת, ויניח שני בנים הורקנוס ואריסטובלוס. ובהיותם קטנים מאד, מלכה אלמנת אלכסנדר. וכאשר גדלו הנערים הקימה למלך את אריסטובלוס, והיה הורקנוס כהן גדול, ותמלוך זאת המלכה תשע שנים ותמת.
והתעוררו מריבות והריגות בין שני בניה בסבת רוע לב וזדון מאיש שמו אנטיפתור אהוב להורקנוס, והיה האיש ההוא גדול ונגיד על אדום כי נכנסו בברית י״י עם ישראל, והיו למס לעמנו. ויקח לו אנטיפתור אשה מזרע המלוכה אשר לאדום, ותלד לו ארבעה בנים, שם האחד הורדוס, אשר באחרית מלך בירושלים. וקצת הסופרים אמרו שזה אנטיפתור היה אדומי, וקצתם אמרו שהיה משועי יהודה. והיה הענין כי מצד תחבולות גדולות שעשה אנטיפתור הנזכר, נתחברו עמו ועם הורקנוס רוב עם יהודה, ויצא מירושלים ויתחברו עם מלך ערב. ויהי באחרית ויצא אריסטובלוס עם אנשי ירושלים ועם עזרת שר רומי הנקרא פומפיוס, ויך במחנה הורקנוס ואנטיפתור ומלך ערב, וישב ירושלים. ובאחרית הימים לכד פומפיוס ירושלים, והרס חומותיה והרג הרג רב בתוכה ולכד את אריסטובלוס, ואסרו בנחשתים ויתן המלוכה להורקנוס והיה אנטיפתור משנהו, רק היה הוא ועם יהודה למס לרומי, וזה היתה תחלת נפלתינו.
ואז שב לו פומפיוס לרומי, ויוליך עמו את אריסטובלוס אסור בנחשתים עם שני בניו ובנותיו. וישאר הורקנוס בירושלים, ועמו שר אחד מרומי ושמו סכאורוס. וגם נשאר עוד בארץ ישראל בן שלישי לאריסטובלוס, שמו אלכסנדר שפרח ונמלט מפני פומפיוס. ובאחרית עשו שלום ויחלקו ממשלת יהודה בחמשה חלקים לחמשה ראשים. וכל זה עשו שרי רומי להעביר קנאה מביניהם ולא יכולו, עד שנהרגו רבים מישראל.
ואחר כך קם מלך חדש ברומי אשר נקרא יוליאוס, כי בחדש יולי נולד, והיה נקרא קיסר, והוא הסיר את הישיש ויעציו, ויוציא את אריסטובלוס מן המאסר וישלחהו לארץ יהודה עם מחנה גדול, להשיב לו ממשלת ארץ יהודה. ובהגיע שמה השקה סם המות ומת, ואחר זה נשאר הורקנוס ומשנהו אנטיפתור מושלים בירושלים. והורקנוס זה היה איש ענו ושפל ושונא מלחמות, וישם אנטיפתור, על פי הורקנוס, שני בניו מושלים בארץ יהודה, שם האחד פסילוא והשני הורדוס.
ויהי אחר כך וימלוך הורדוס מטעם קיסר רומי בכל ארץ יהודה, ונתן הכהונה הגדולה לאחד מן הכהנים שלא היה מבני חשמונאי, ויתעשר זה הורדוס עושר גדול. ובימים ההם היה רעש גדול בכל ארץ יהודה וימותו כעשרת אלפים בחוצות ירושלים, מלבד אשר מתו בערי יהודה. ויהי כאשר חזקה הממלכה בידו ויהרוס את הבית אשר עשו האבות על פי מלכי מדי, ויבן את הבית ואת ההיכל בנין גדול ומפואר שלא היה כמוהו.
ויהי כי ארכו הימים, ויתגרו מלחמות בין בני ביתו, וימותו גם הוא גם בניו, וימלוך איש ושמו אנטיפטר ויסבו את שמו הורדוס, והיה רשע מכל אשר לפניו. והרג רבים מחכמי ישראל, והרג את ר׳ יוחנן על אשר הוכיחו כי לקח אשת אחיו, הוא יוחנן אשר עשה טבילה טרם כל. ויגלהו מלך רומי והמיתו, וימלוך תחתיו אגריפס בן אריסטובלוס בן הורדוס הגדול, ועשרים ושלש שנים מלך וימת, וימלוך תחתיו אגריפס בן אגריפס.
ובימיו התעוררו מלחמות בארץ יהודה ובאדום, כי אלעזר הפריץ השחית לרוב ואז גדלה שנאה בין איש לרעהו בירושלים. ויעשו להם סכינים קטנים חדים לשאתם תחת בגדיהם, ויבואו בשוקים ובהיכל ה׳ ויכהו בתוך ההמון בצדו או בבטנו וימיתו, ולא נודע מי הכהו ויאנח העם מאד, כי המיתו עם רב בדרך זה, וגם רבים מן הכהנים והחסידים. בעת ההוא מרדו היהודים ברומיים ובפרט הפריצים, והמלך אגריפס והטובים מבקשים שלום, והרבה אגריפוס דברים ומליצים לדבר באזני העם. ותגדל החמה בין הפריצים ובין החכמים, וילכדו החכמים הר ציון, והפריצים לכדו את היכל ה׳. ותגדל יד הפריצים על החכמים, ותהי המלחמה חזקה בין שתי הכתות, וגרשו הפריצים את אגריפס וכל הנסמכים לו מירושלים, וישרפו את בית המלך והריקו אוצרותיו. ואגריפס המלך הלך לרומי ויגד לנינוס כל הרעה שנעשתה ביהודה ובירושלים.